Si bien el nombre es hispano y de un santo, San Jacinto tiene un origen que se remonta a las épocas preincas. Testimonio de esto son los vestigios de los asentamientos culturales en Punkuri, Pañamarca, Kiske y Cerro Blanco.

La corona española entregaron esta tierra a los jesuitas quienes encargaron de introducir la caña de azúcar como parte de la producción agrícola de esta parte del Perú. Casi un siglo después empieza la etapa de industrialización y tecnificación en la producción de azúcar, con la llegada del escocés Henry Swayne y el establecimiento de la hacienda San Jacinto, en 1868. A su fallecimiento asume la gerencia Augusto B. Leguía, quien dejó el cargo al ser elegido Presidente del Perú. En 1990, la familia Swayne transfiere la propiedad de San Jacinto la familia Lockett.

En 1947 se crea la Negociación Azucarera Nepeña S.A (NANSA) conformada por capitales ingleses y peruanos.

El terremoto de 1970 destruyó casi todo el pueblo y el complejo azucarero y ese mismo año se expropia la hacienda para convertirla en cooperativa administrada por los trabajadores.

En el año 1996, el Grupo Picasso logra el control de San Jacinto con la compra de la mayoría de acciones y 13 años después e, 22 de octubre del 2009, transfiere su participación de 72.62% a Corporación Azucarera del Perú, empresa del Grupo Gloria iniciándose una nueva etapa de inversiones, manejo responsable y desarrollo empresarial.